Ikan lele sangkuriang resmi dilepas oleh Departemen Kelautan dan
Perikanan pada tahun 2004. Penelitian ikan lele sangkuriang dilakukan
oleh Balai Besar Pengembangan Budidaya Air Tawar (BBPAT) Sukabumi sejak
tahun 2002. Penelitian ini berawal dari kekhawatiran para peternak
dengan menurunnya kualitas lele dumbo yang beredar di masyarakat.
Penurunan disebabkan oleh kesalahan dalam menghasilkan benih dan
penyilangan yang terjadi secara terus menerus. Hingga akhirnya
diupayakan untuk mengembalikan sifat-sifat unggulnya dengan cara
persilangan balik (back cross).Ikan lele sangkuriang dihasilkan dari indukan betina lele dumbo generasi ke-2 atau F2 dan lele dumbo jantan F6. Induk betina merupakan koleksi BBPAT, keturunan F2 dari lele dumbo yang pertama kali didatangkan pada tahun 1985. Sedangkan indukan jantan merupakan keturunan F6 dari keturunan induk betina F2 itu. Penamaan Sangkuriang diambil dari cerita rakyat Jawa Barat tentang seorang anak yang bernama Sangkuriang yang mengawini ibunya sendiri. Sama seperti yang dilakukan BBPAT yang mengawinkan lele jantan F6 dengan induknya sendiri lele betina F2.
Dari hasil perkawinan ini ternyata didapatkan sifat-sifat unggul seperti kemampuan bertelur hingga 40.000-60.000 butir per sekali pemijahan. Jauh berbeda dengan kemampuan bertelur ikan lele lokal yang berkisar 1.000-4.000 butir. Lele Sangkuriang juga lebih tahan terhadap penyakit, dapat dipelihara di air minim, dan kualitas daging yang lebih baik.
Hanya saja kelemahannya, peternak tidak bisa membenihkan lele Sangkuriang dari induk lele Sangkuriang. Apabila ikan lele Sangkuriang dibenihkan lagi, kualitasnya akan turun. Jadi pembenihan lele Sangkuriang harus dilakukan dengan persilangan balik.
Saat ini BBPAT sedang menggodok varian baru lele Sangkuriang, yaitu ikan lele Sangkuriang II. Jenis ini merupakan perbaikan dari Sangkuriang I. Ikan lele ini persilangan antara indukan jantan F6 Sangkuriang I dengan indukan betina F2 lele dari Afrika. Indukan lele Afrika dipilih karena ukurannya yang besar, bisa sampai 7 kilogram. Hal ini dipandang bisa memperbaiki sifat genetis lele Sangkuriang. Berdasarkan pemulianya, yaitu BBPAT, ikan lele Sangkuriang II pertumbuhannya lebih besar 10 persen ketimbang Sangkuriang dan bobotnya pun lebih bongsor.
Ikan lele sangkuriang II belum dilepas secara bebas. Pihak BBPAT masih melakukan uji multilokasi di daerah Bogor (Jawa Barat), Gunung Kidul (Yogyakarta), Kepanjen (Jawa Timur) dan Boyolali (Jawa Tengah). Daerah tersebut memang dikenal sebagai sentra-sentra produksi lele nasional.
